彭云辉(副研究员)

作者: 时间:2022-09-26 点击数:


姓名:彭云辉
E-mail:yunhuipeng@ccnu.edu.cn
办公室:9号楼11楼1151
职称:副研究员

个人简介:
彭云辉,副研究员,硕士生导师。长期从事生物物理、凝聚态软物质物理和生物信息方向的研究工作,发展了生物大分子动力学模拟、软物质静电相互作用分析、致病性蛋白突变预测等物理模型和方法。利用统计物理与生物物理理论,结合机器学习和生物信息学方法,揭示不同生物大分子结构、功能、动态调控过程等的分子机制以及与癌症等不同人类疾病的关系。近年来,在Nature communications, Nucleic Acids Research, Bioinformatics,Journal of Molecular Biology等国际知名杂志上发表SCI论文30余篇。主持国家自然科学基金青年基金1项(在研),作为核心成员参与美国国立卫生研究院R01项目两项。

学习工作经历:
2009年9月-2013年7月:西安交通大学,物理系, 本科
2013年8月-2018年12月:美国克莱姆森大学,物理与天文系,博士
2017年8月-2018年7月:法国巴黎第七大学,访问学者
2019年3月-2022年7月:美国国立卫生研究院,国家生物信息与技术中心,博士后
2022年9月-至今: 华中师范大学,湮靡人生公交play白月,生物物理研究所,副研究员,硕士生导师

在研项目:
国家自然科学基金青年基金 (项目经费30万), 2023.01-2025.12,主持
华中师范大学人才启动经费 (项目经费40万), 2022.09-2027.09,主持


主要研究方向:
1. 生物分子动力学; 利用统计物理和多尺度动力学模拟,研究原子、分子层面上不同生物大分子的构象变化、相互作用、别构效应、自组装等分子机理,诠释生物系统不同调控机制以及与疾病的关系。

2. 致病性蛋白突变预测; 结合物理模型和机器学习方法,预测蛋白质突变对蛋白质动态构象、结合作用、折叠稳定性等的影响,开发定量分析致病性蛋白突变的模型和算法。

3.生物大分子网络; 结合不同实验数据,建立大尺度生物分子相互作用网络,分析生物网络结构和性质,探究生物调控过程和信号传递机理。

4. 生物大分子之间的静电相互作用; 定量分析静电相互作用力在不同生物大分子结合作用、自组装等作用机制。

代表性论文:

1. Peng, Yunhui, Shuxiang Li, Alexey Onufriev, David Landsman, and Anna R. Panchenko. "Binding of regulatory proteins to nucleosomes is modulated by dynamic histone tails." Nature communications 12, no. 1 (2021): 1-12.

2. Peng, Yunhui*, Shuxiang Li*, David Landsman, and Anna R. Panchenko. "Histone tails as signaling antennas of chromatin." Current Opinion in Structural Biology 67 (2021): 153-160.

3. Peng, Yunhui, Yaroslav Markov, Alexander Goncearenco, David Landsman, and Anna R. Panchenko. "Human histone interaction networks: an old concept, new trends." Journal of Molecular Biology 433, no. 6 (2021): 166684.

4. Li, Shuxiang*, Yunhui Peng*, and Anna R. Panchenko. "DNA methylation: Precise modulation of chromatin structure and dynamics." Current Opinion in Structural Biology 75 (2022): 102430.

5.  Peng, Yunhui, Lexuan Sun, Zhe Jia, Lin Li, and Emil Alexov. "Predicting protein–DNA binding free energy change upon missense mutations using modified MM/PBSA approach: SAMPDI webserver." Bioinformatics 34, no. 5 (2018): 779-786.

6. Li, Shuxiang, Yunhui Peng, David Landsman, and Anna R. Panchenko. "DNA methylation cues in nucleosome geometry, stability and unwrapping." Nucleic acids research 50, no. 4 (2022): 1864-1874.

7. Isvoran, Adriana, Yunhui Peng, Silvana Ceauranu, Leon Schmidt, Arnaud B. Nicot, and Maria A. Miteva. "Pharmacogenetics of human sulfotransferases and impact of amino acid exchange on Phase II drug metabolism." Drug Discovery Today (2022): 103349.

8. Peng, Yunhui, Ye Yang, Lin Li, Zhe Jia, Weiguo Cao, and Emil Alexov. "DFMD: fast and effective DelPhiForce steered molecular dynamics approach to model ligand approach toward a receptor: application to spermine synthase enzyme." Frontiers in molecular biosciences 6 (2019): 74.

9. Peng, Yunhui, and Emil Alexov. "Computational investigation of proton transfer, p K a shifts and p H‐optimum of protein–DNA and protein–RNA complexes." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 85, no. 2 (2017): 282-295.

10. Peng, Yunhui, and Emil Alexov. "Investigating the linkage between disease‐causing amino acid variants and their effect on protein stability and binding." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 84, no. 2 (2016): 232-239.



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